De SBB en de FS menen dat de huidige structuur van Cisalpino ongeschikt is om verbeteringen mogelijk te maken. Inspanningen in het laatste jaar om de situatie te verbeteren hebben nog niet tot het gewenste resultaat geleid. Het materieel dat bij Cisalpino rijdt zal worden verdeeld over de SBB in FS. Vier kantelbaktreinstellen van de ETR-470 (Pendolino) gaan naar de SBB, de overige vijf naar de FS. De nieuwe kantelbaktreinstellen van het type ETR-610 (Cisalpino II) die grotendeels nog steeds niet uitgeleverd zijn worden precies door de helft gedeeld, zodat beide spoorwegmaatschappijen elk zeven treinstellen krijgen.

Vanaf 13 december 2009 zal de treindienst in de praktijk weer door de SBB en FS zelf gereden worden, maar wel met hetzelfde materieel. Het personeel van Cisalpino gaat ook over naar de SBB en FS. Aan de grens zal het personeel weer gewisseld gaan worden. Voordeel van de nieuwe opzet voor de SBB is wel dat de SBB nu zelf het onderhoud aan hun eigen treinstellen kan uitvoeren. Onder de opzet van Cisalpino gebeurde dit verplicht in Milaan, maar het onderhoud aan de treinstellen is gebrekkig. Mogelijk zou de SBB nu in de toekomst ook geheel in eigen beheer met treinen tot Milaan kunnen gaan rijden.

Een slachtoffer van het gebeuren is er ook. De EuroNight-treinen tussen Zwitserland en Italië zullen verdwijnen. De FS wou eerder eigenlijk al van de treinen af, maar heeft de wens om Cisalpino op te heffen allicht ook aangegrepen om het schrappen van de nachttreinen voor elkaar te krijgen. De FS toont opnieuw weinig interesse in het internationale treinvervoer, zoals ook al het geval is bij andere verbindingen naar bijvoorbeeld Oostenrijk en Slovenië. Doordat City Night Line vanaf december 2009 tevens van plan is om vanuit Nederland en het westen van Duitsland niet meer naar Italië te rijden, wordt het land zo steeds slechter bereikbaar per trein.