Aanvankelijk verliep de inzet in de eerste twee weken zonder grote problemen. Op 4 en 5 augustus vielen de nieuwe treinstellen echter uit, mogelijk als gevolg van problemen die na een uitgevoerde software-update ontstonden. Cisalpino hoopt deze problemen binnen enkele dagen verholpen te hebben. Tot het zover is rijden er weer vervangende treinen.

Daarnaast is het rijden in dubbeltractie en met actief ingeschakelde kantelbaktechniek is nog niet toegestaan in Zwitserland. Tegelijk zijn er ook nog berichten dat het onduidelijk is of de Cisalpino Due op de Gotthard route überhaupt met ingeschakelde kantelbaktechniek zal mogen gaan rijden. Het gewicht van de trein zou hiervoor te zwaar zijn uitgevallen. Dit zou betekenen dat de reistijd een kwartier langer wordt dan gepland en eigenlijk net zo goed ander internationaal materieel had kunnen worden ingezet.

Naarmate er meer treinstellen goedgekeurd worden voor de treindienst is het de bedoeling dat het aantal treinen dat met de Cisalpino Due wordt gereden uitgebreid wordt. Het materieel dat wegens de vertraagde levering van de Cisalpino Due en de technische problemen aan de oudere Cisalpino treinstellen wordt ingezet zal dan geleidelijk aan verdwijnen.

Laatste update door: Niels Kruithof, op 06/08/2009.